El certamen contará con seis zonas de cuatro equipos cada una, que tiene como cabezas de serie a: Boca, River, Independiente, San Lorenzo, Racing y Vélez. En tanto, el resto de los clubes se distribuirán a través de un sorteo en el que estarán repartidos en copones dependiendo de su zona geográfica. 

En el copón de La Plata-Santa Fe estarán Estudiantes, Gimnasia, Rosario Central, Newell’s Old Boys, Colón y Unión. En tanto, el del Interior lo integrarán Godoy Cruz, Aldosivi de Mar del Plata, Patronato de Paraná, Talleres de Córdoba, Atlético Tucumán y Central Córdoba de Santiago del Estero. Finalmente, el del AMBA lo formarán Argentinos Juniors, Huracán, Lanús, Banfield, Defensa y Justicia y Arsenal. 

Se disputarán dos ruedas, con partidos ida y vuelta, entre los integrantes de cada zona. Los dos primeros de cada grupo clasificarán a la Fase “Campeón de Copa 2020”, mientras que los dos restantes jugarán la Fase “Complementación de Copa 2020”. En ambos casos se jugará una sola rueda, todos contra todos.

Los primeros de cada grupo de la Fase Campeón de Copa 2020 definirán al campeón en partido único, en cancha neutral y con definiciones desde el punto del penal en caso de que los 90 minutos reglamentarios finalicen en igualdad de tantos. El triunfador clasificará a la Copa Libertadores 2021.