"Yo rechazo categóricamente estas afirmaciones", dijo Peña Nieto en una entrevista con Radio Fórmula, en la que afirmó que nunca se habían destinado tantos esfuerzos a una investigación en México, que además estuvo "muy abierta" al escrutinio internacional. Sin embargo, su gobierno no renovó el contrato de un grupo de expertos multidisciplinarios independientes de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) que puso en duda la hipótesis oficial de lo sucedido.

Posteriormente, las protestas generadas por esa actitud rehabilitaron la relación del gobierno con la CIDH y sus investigaciones, tal como reclamaban los familiares de los jóvenes presuntamente asesinados en Iguala, estado de Guerrero, cuando buscaban autobuses para sumarse a una protesta en la Ciudad de México. "No tenemos nada que ocultar", agregó Peña Nieto, en vísperas de que se cumpla el lunes el segundo aniversario de la desaparición y presunto asesinato de los jóvenes, estudiantes de la escuela rural para maestros de Ayotzinapa, la noche del 26 al 27 de septiembre de 2014. 

El presidente mexicano dijo que tampoco se pueden considerar una "actuación de Estado" los supuestos abusos cometidos por fuerzas de seguridad en enfrentamientos con grupos criminales en localidades como Tanhuato y Tlatlaya, pese a que organismos de derechos humanos denunciaron que hubo ejecuciones extrajudiciales. El mandatario también defendió su decisión de nombrar como secretario ejecutivo de la Comisión Nacional de Seguridad a Tomás Zerón, el cuestionado jefe de las investigaciones de Ayotzinapa. 

Familiares de los 43 estudiantes desaparecidos afirman que Zerón enturbió las investigaciones al realizar una diligencia no registrada en el expediente en un sitio donde un día después se encontró una bolsa con restos de ceniza y con el único fragmento óseo identificado con plenitud como de uno de los jóvenes. Por otra parte, el diario mexicano La Jornada informó este jueves que agosto pasado fue el mes con el mayor número de homicidios dolosos en lo que va del actual sexenio de gobierno, al acumular 1938 denuncias por ese delito, hechos en los que murieron 2147 personas.